La Facultad de Ciencias Aplicadas a  la Industria es una de las más jóvenes entre las unidades académicas de la Universidad Nacional de Cuyo. Desde sus comienzos, atravesó varias transformaciones: se crea en 1961 como Instituto Tecnológico Superior de San Rafael, dependiente del Gobierno de Mendoza; a fines de 1964, mediante Ley 3157, se constituye como Facultad de Ciencias Aplicadas a la Industria, también en el ámbito provincial. En ese entonces, sólo ofrecía dos carreras: Ingeniería en Industrias de la Alimentación e Ingeniería en Petroquímica y Mineralurgía.

El 15 de diciembre de 1993, la Asamblea Universitaria la incorporó como Facultad de Ciencias Aplicadas a la Industria de la Universidad Nacional de Cuyo.