El rector de la UNLM está acusado, por ejemplo, de haber despedido a fines de 2002 a la profesora María Luisa Jóver, quien había denunciado en un programa de televisión que Martínez presionaba al personal docente y no docente de esa universidad para que asistieran a "actos políticos del peronismo".

Según Jóver, el rector incluso enviaba a un colaborador a tomar lista en los actos para detectar a aquellos que se insubordinaban a su directiva. De acuerdo con las denuncias, Daniel Martínez le bajó el sueldo al personal de maestranza que se negó a disciplinarse a su conducción política.

Hay más. Martínez está acusado de tener un "férreo control" del Centro de Estudiantes, donde "opera como si fuera su virtual presidente". Ese centro está denunciado judicialmente por supuestas irregularidades en el manejo de fondos y también de irregulares transferencias de dinero a cuentas de los miembros del propio Centro de Estudiantes.

El rector, según se denunció, habría ordenado la modificación de actas de examen para quitarles la condición de alumnos regulares a Gustavo Leiss y Sergio Herrera, dos estudiantes que eran candidatos a presidente y vice de una agrupación estudiantil opositora a la línea de Martínez.

Las operaciones contra esos dos alumnos no habrían terminado ahí. A ambos después se les inició un sumario interno por el cual terminaron siendo exonerados del sistema universitario. Por esta razón, Leiss y Herrera iniciaron una demanda civil y penal contra el rector y otros docentes que habrían participado de la maniobra. El prosecretario académico de la UNLM declaró posteriormente ante la Justicia la existencia de ese tejemaneje.

La Justicia, además, libró un exhorto a los Estados Unidos para que informe sobre una cuenta que Martínez tendría en el banco Lehman Brothers de ese país. Esa cuenta no aparece mencionada en ninguna de las declaraciones patrimoniales del rector.

En otra denuncia que aparece en el expediente —la causa está en manos del Juzgado Criminal y Correccional Federal Nº 12—, Mirta Garnera relató que tras haber desaprobado el examen de ingreso a la UNLM le ofrecieron arreglarle todo a cambio de 500 pesos. Y que por otros 500 le podían aprobar tres materias.

Martínez —su título de grado es licenciado en Administración— fue durante algunos años director de Contaduría de la Cámara de Diputados.