La selección de las personalidades distinguidas con los Konex 2006 fue realizada por un jurado presidido por Gregorio Klimovsky, quien hace diez años fue premiado con el premio Konex de brillante. También integraron el jurado Jorge Vanossi, Horacio García Belsunce, Aldo Ferrer, Ivonne Aline Bordelois y Rafael Braun, y otras catorce personalidades.
 
Tras conformar una nómina de veinte disciplinas (Psicoanálisis, Educación, Sociología, Derecho Civil, entre otras) se seleccionaron cinco personalidades por cada una de ellas. También se designaron menciones especiales a la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales y al Instituto Torcuato Di Tella y se le otorgó el Konex de Honor al profesor Manuel Sadosky, fallecido el año pasado.
 
Algunas de las cien personalidades distinguidas este año son Horacio Sanguinetti, Federico Sturzenegger, Pablo Guidotti, Juan Carlos Portantiero y Noe Jitrik. Los premios serán entregados en setiembre.