Sin embargo, en muchas universidades privadas no hay infraestructura suficiente y un número significativo de docentes dedicados a la investigación, lo que se suele señalar como uno de los puntos más débiles de estas instituciones.
De hecho, mientras el 50% de los investigadores argentinos trabaja en universidades públicas, sólo el 3,5% lo hace en las privadas. Según datos del Consejo de Rectores de Universidades Privadas (CRUP), sólo 989 de sus 15.968 docentes se dedican a investigar y únicamente el 9% tiene dedicación exclusiva.
La Secyt tiene intención de que las investigaciones financiadas con las universidades privadas se vinculen con áreas de vacancia en el país, como el desarrollo de economías regionales, el medio ambiente y la seguridad. Aquí también puede haber un desfase: el 60% de los proyectos en marcha en ellas corresponde a ciencias sociales y humanidades.