Durante un tiempo, y a pesar de algunas desavenencias internas, se mantuvieron prácticamente sin oposición, aunque otras agrupaciones, sobre todo de centroizquierda, les cuestionaron repetidamente la falta de transparencia en el manejo de las cuentas y la utilización de ese espacio para intereses de los partidos políticos que representan y su "ilegitimidad" al frente de la FUBA, al denunciar que no se convocó a varios de los congresos reglamentarios de renovación de autoridades. 

"Tenemos las actas firmadas de cada congreso. Ante la posibilidad de perder, ellos decidieron no dar quórum", dijo el presidente de la FUBA, Agustín Vanella, a LA NACION. Agregó que el 22 de este mes se realizará el congreso suspendido en diciembre último.
 
Aunque mantienen el control de siete de los trece centros de estudiantes, su representatividad está en cuestión. Cada vez menos estudiantes votan en las facultades y, además, acaban de perder la mayoría que tuvieron en los últimos años en el Consejo Superior. En la votación de la semana última obtuvieron dos de los cinco consejeros. La mayoría quedó en manos de la lista Unidad Reformista, que en su casi totalidad apoya a Alterini, con excepción del consejero del LAI, de Agronomía.