La Escuela de Comercio Martín Zapata se fundó el 29 de junio de 1912, por resolución 296 del Gobierno de la Provincia. Inmersa en numerosos cambios sociales, políticos, tecnológicos y culturales, logró adecuarse a las demandas cambiantes y generar propuestas innovadoras a través de sus orientaciones y proyectos educativos y sociales.
Pionera en Mendoza, surgió como escuela de vanguardia y para dar respuesta a necesidades sociales del momento que requerían la capacitación de los jóvenes, especialmente de la mujer, en las prácticas del comercio, la administración pública, la industria y la banca. En esos momentos otorgó a los egresados el título de Tenedor de Libros y con cinco años el de Contador Público provincial. En 1937 y después de fuertes debates se logró la nacionalización de los títulos, con el traspaso del establecimiento al gobierno nacional, hasta tanto se creara la Universidad Nacional de Cuyo, de cuya jurisdicción depende en la actualidad.
La comunidad educativa de la escuela jugó un papel muy importante en la creación de la Universidad Nacional de Cuyo. Según la profesora Adriana Micale (1992): “Es importante acentuar, la idea de que la base fundacional de la Universidad la constituyeron la Escuela de Comercio Martín Zapata y el Liceo Agrícola y Enológico Domingo Faustino Sarmiento... En realidad, de las dos, la Escuela de Comercio había sido la institución que más había luchado y trabajado por lograr una universidad en Cuyo.”
A partir de la creación de la UNCuyo en el 1939, la escuela pasó a depender de esa jurisdicción. Ello involucró el desafío de cumplir con la función de la preparación de alumnos para su posterior ingreso al nivel universitario. Su estatuto, en el Artículo 97 establece que: “La enseñanza secundaria en la Universidad tiene por fin servir a la formación integral y a la preparación y orientación de los alumnos hacia la enseñanza superior. Los establecimientos secundarios deben ser campos de experimentación docente y escuelas modelos en todos sus aspectos". En 1943 se realiza una nueva modificación en el plan de estudios; aparecen, por primera vez, actividades relacionadas con el deporte y el coro que, si bien son obligatorias, revisten el carácter de discontinuas.
En 1969, por Ordenanza 1/69 del Consejo Superior de la UNCuyo, nuevamente se modificó el plan de estudios incorporándose el sexto año, con el fin de otorgar a los egresados el título de Bachiller y Perito Mercantil. Con posterioridad, este plan experimentó transformaciones entre 1981-1990, para incorporar la informática.
En 1993, se sancionó la Ley Federal de Educación 24.195, que establecía una fuerte reforma a la estructura del sistema educativo argentino. En este marco, el 15 de noviembre de 1995, se produjo la reforma del Estatuto Universitario de la UNCuyo y la Asamblea Universitaria tomó una decisión estructural: adoptar para las cinco escuelas de su dependencia, sólo el nivel Polimodal. Más allá de las controversias generadas por estos cambios, la comunidad educativa, con un fuerte compromiso y tenacidad, da respuesta al desafío de la adecuación a la nueva ley.
El 28 de agosto de 1997 el Consejo Superior de la UNCuyo, por ordenanza N° 72 y 79, adoptó 3 modalidades para la escuela: Economía y Gestión de las Organizaciones (EGO), Producción de Bienes y Servicios (PBS) y Humanidades y Ciencias Sociales (HCS.)
El 14 de diciembre de 2006 el Congreso de la Nación aprobó la nueva Ley Nacional de Educación, reemplazando el marco jurídico que regía en el país desde 1993. En un contexto político renovado, la nueva ley apareció como el principal referente de un proyecto nacional que busca fortalecer los principios básicos sobre los que se sustenta la educación pública: la equidad, la justicia, la solidaridad y el bien común.
Con la aplicación de la Ley Nacional 20.206 la escuela enfrentó un nuevo desafío: garantizar el ingreso, permanencia y egreso de los alumnos en su trayectoria a lo largo de cinco años de formación, otorgando el título de bachiller con orientación en Economía y Administración, Ciencias Sociales y Humanidades, e Informática.