Las categorías para participar son las siguientes:
 a. Iniciación Científica: estudiantes y equipos de investigación secundaria que tengan como máximo 21 años de edad. Premio U$S 2.000.
b. Joven Universitario: individual, para estudiantes de educación superior no graduados que tengan como máximo 28 años. Premio U$S 3.500. 
c. Joven Investigador: individual, para investigadores con educación superior completa que tengan como máximo 35 años. Premio U$S 5.000.
d. Integración: equipo de investigadores con educación superior completa, sin límite de edad. Premio U$S 10.000.
 
El Premio MERCOSUR es organizado por la Reunión Especializada de Ciencia y Tecnología (RECyT), la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO), el Consejo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (CNPQ) y el Movimiento Brasil Competitivo (MBC), con el patrocinio del Ministerio de Ciencia y Tecnología (MCT/Brasil) y del Petróleo Brasileño S.A.

El reglamento completo está disponible en el sitio web de la UNESCO:  www.unesco.org.br/premiomercosul