La UNCUYO se gobierna a través de la Asamblea Universitaria, el Consejo Superior y el Rector/a.
La Asamblea Universitaria está formada por:
- rector/a,
- vicerrector/a,
- todos los miembros de los Consejos Superior y los Consejos Directivos de las Facultades.
El Consejo Superior está formado:
- rector/a,
- decanos y decanas de las Facultades,
- un/a docente de cada Facultad,
- un/a estudiante de cada Facultad,
- cuatro docentes auxiliares,
- tres egresados/as,
- un/a representante del personal de apoyo académico.
El Consejo Directivo de cada Facultad está formado por:
- decano/a,
- cuatro representantes de docentes titulares y asociados efectivos,
- dos docentes de cargos adjuntos efectivos,
- uno/a docentes auxiliares efectivos,
- dos egresados/as,
- tres estudiantes,
- un/a representante del personal de apoyo académico.